Zu Beginn von Horus' Krieg mit Set hatte dieser noch Verbündete: seine Mutter Isis, deren Schwester Nephthys, die einmal mit Set verheiratet gewesen war, sowie die Götter Anubis und Thoth. Doch die gnadenlose Entschlossenheit von Horus führte dazu, dass er selbst diese verlor: seine Mutter Isis wandte sich von ihm ab, als sie Gefangene befreite, die Horus im Krieg gemacht hatte. Daraufhin wurde ihr Sohn so wütend, dass er seiner Mutter den Kopf abschlug - nur die Heilkünste des Thoth verhinderten, dass Isis an dieser Verletzung starb. Dieses Ereignis führte jedoch dazu, dass er seine einzigen Verbündeten verlor.

Der Krieg der Götter tobte im Land der Menschen: Horus sandte besondere Truppen, die Mesinu, die vermutlich deutlich besser mit metallenen Waffen ausgerüstet waren als ihre Gegner, nach Nubia, dem Land, in dem Set herrschte. Sie richteten furchtbare Verwüstungen unter den Kriegern des Set an, so dass Set schließlich selber eingriff und es zu einem Zweikampf zwischen ihm und Horus kam, der in einem Patt endete - trotzdem ging Nubia an die Herrschaft von Horus.

Der Krieg ging danach weiter: die beiden Götter schickten weiterhin ihre Truppen von Sterblichen gegen einander, zerstörten das Land, trafen sich zu Duellen und richteten einen solchen Schaden an, dass der frühere oberste Gott Ra warnte, dass sie schließlich die Welt zerstören würden, ließen die anderen Götter sie einfach weiter machen. Da sich die Götter nicht darauf einigen konnten, ob Set oder Horus nun Pharao werden sollte, baten sie die Göttin der Weisheit Neith um eine Entscheidung und sie ernannte Horus - allerdings akzeptierte Set die Wahl nicht und begann den Kampf erneut.

Schließlich wurde Osiris, der mittlerweile die Welt der Toten regierte, um Rat gefragt und er verdammte wütend die Götter, weil sie so lange dem verheerenden Krieg zugesehen hatten, ohne einzugreifen - er verlangte von ihnen, dass sie Neiths Entscheidung akzpetieren sollten. So wurde Horus Regent des Schwarzen Landes - Ägypten -, während Set das Rote Land - die umgebende Wüste - als sein Reich erhielt.

Nephthys

Die Erscheinung dieser Schwester von Isis ist die einer Frau oder eines Raubvogels. Sie gilt als Beschützer des Reichtums und der Toten, was sie besonders von Grabräubern gefürchtet macht. Zudem symbolisierte sie Verfall und Korruption, stand jedoch auch für die Hoffnung auf geistige Unsterblichkeit. Ebenso wie ihre "hellere" Schwester galt sie als weise und leidenschaftlich. Obwohl sie mit Set verheiratet war, der ihr jedoch keine Kinder schenken konnte, verbrachte sie durch einen Trick eine Nacht mit Osiris und gebar Anubis, den Wächter der Toten. Nachdem Set Osiris getötet hatte, wandte sich Nephthys von ihm ab und unterstützte ihre Schwester Isis.